A cooperação científica com Moçambique está consubstanciada em numerosas pesquisas interuniversitárias e atividades de treinamento em setores como biologia, medicina, geologia, agronomia, engenharia química e ambiental, planejamento territorial, educação, políticas de gênero, antropologia, economia.
O Acordo de Cooperação Cultural, Científica e Tecnológica entre Itália e Moçambique, assinado em 2007 e já ratificado por Moçambique, também está a ser ratificado pelo lado italiano. De um modo geral, a cooperação cultural entre os dois países está a passar por uma fase de relançamento, também graças ao programa "Itália, Cultura, África" promovido pela MAECI para 2019.
As actividades de cooperação científica e tecnológica decorrem maioritariamente na principal universidade pública do país, a Universidade Eduardo Mondlane (UEM), nas áreas da saúde pública, ambiente, produção agrícola, ordenamento do território e desenvolvimento local. O compromisso financeiro italiano em apoio à UEM resultou na atribuição de mais de 25 milhões de euros ao longo dos anos. Com a UEM, estão em curso 25 projectos de investigação nas áreas das ciências biomédicas e das ciências aplicadas ao desenvolvimento territorial. Também foram criados vários centros de excelência: de particular importância é o "Centro de Biotecnologia" co-financiado pela Cooperação Italiana, bem como pelas Universidades de Sassari e Roma La Sapienza.
A UEM também organiza regularmente, com o apoio da nossa Cooperação, mestrados de pós-graduação em biotecnologia, gestão e planeamento de assentamentos urbanos informais, formação agrícola, cooperação internacional, educação inclusiva, educação à distância, geologia do petróleo e gás, anatomia patológica.
